Urodził się 1591 r. Strachocinie k. Sanoka, w szlacheckiej, głęboko wierzącej rodzinie. Kiedy miał 15 lat. rodzice wysłali go na naukę do znakomitego kolegium jezuickiego w Braniewie. Po pięciu latach młody Bobola trafił do Wilna i postanowił zostać jezuitą. Studiował, nauczał i katechizował. Przełożeni wysyłali go do Braniewa i Pułtuska, a potem skierowali na studia do Akademii Wileńskiej. 12 marca 1622 r. został wyświęcony na kapłana. Nie był typem naukowca. Uczył się dość dobrze ale nie zdał najważniejszego końcowego egzaminu podsumowującego siedem lat studiów filozoficzno-teologicznych. Nieprzeciętne były jednak jego apostolska gorliwość i dar głoszenia Słowa Bożego, które ujawniły się podczas pobytu w Nieświeżu. Ostateczne śluby zakonne złożył dopiero w 1630 r. Kolejne 13 lat to nieustanna tułaczka po jezuickich placówkach - Bobrujsk, Płock, Warszawa, ponownie Płock, Łomża i Wilno. Administruje, naucza, pełni funkcję moderatora Sodalicji Mariańskiej a przede wszystkim głosi doskonałe kazania, spowiada i nawraca. W 1642 r. 51-letni Bobola został skierowany do kolegium w Pińsku - stolicy Polesia, miasta położonego wśród nieprzebytych bagien i lasów. Dopiero tam - pośród zdziczałych i zabobonnych Poleszuków i prawosławnych schizmatyków -jego dar nawracania rozkwitł w pełnej krasie. Jego dziewięcioletnia posługa w Pińsku - przerwana w połowie dla poratowania zdrowia pobytem w Wilnie - znaczona była licznymi kilkudniowymi wyprawami misyjnymi. Wielkim sukcesem Andrzeja Boboli stało się nawrócenie na katolicyzm mieszkańców dwóch wsi: Bałandycze i Udrożyn. Jego apostolska działalność stała się wkrótce solą w oku dla prawosławnych, którzy nazwali go "obmierzłym jezuitą" i "duszochwatem".
Wkrótce nadeszła sposobność, by się z nim rozprawić. W 1655 r., gdy Polskę "zalali" Szwedzi, na jej wschodnich rubieżach grasowały watahy kozaków, żywiących szczególną nienawiść do "Lachów", katolików, unitów i jezuitów.
Rozpoczął się czas mordów i grabieży. W połowie 1657 r. jeden z kozackich oddziałów zajął Pińsk. W obliczu śmiertelnego zagrożenia Bobola wyjechał z miasta i udał się do Peredyla. 16 maja, kozacy dotarli do Janowa Poleskiego, gdzie wymordowali wszystkich żydów i katolików. Ktoś doniósł im wówczas, że w pobliskiej miejscowości ukrywa się groźny jezuita - "duszochwat". Kozacy schwytali go gdy jechał wozem i zaczęli nakłaniać do przyjęcia prawosławia. Odmówił. Skatowali go, wyrwali paznokcie, przytroczyli do koni i zawiedli czterokilometrową drogą na janowski rynek. Po przyjeździe zdzielili go szablą w głowę. Zasłaniając się stracił trzy palce. Kolejny cios trafił w nogę. Zawlekli go potem do szopy w której szlachtowano zwierzęta. "Zapytany, czy jest łacińskim księdzem, odparł Andrzej: Jestem katolickim kapłanem. W tej wierze się urodziłem i w niej też chcę umrzeć. Wiara moja jest prawdziwa i do zbawienia prowadzi. Wy powinniście żałować i pokutę czynić, bo bez tego w waszych błędach zbawienia nie dostąpicie. Przyjmując moją wiarę, poznacie prawdziwego Boga i wybawicie dusze swoje. Te słowa nie tylko nie pobudziły zbrodniarzy do litości, ale wprawiły ich w taką wściekłość, że z niesłychanym okrucieństwem zaczęli stosować do żołnierza Chrystusowego najsroższe męki. Powtórnie obity biczami, na wzór Chrystusa uwieńczony został dotkliwym spowiciem głowy, policzkami straszliwie sponiewierany i zakrzywioną szablą zraniony upadł. Niebawem wyrwano mu prawe oko, w różnych miejscach zdarto mu skórę [na plecach na kształt ornatu, posypując tę ranę sieczką i plewami], okrutnie przypiekając rany ogniem i nacierając je szorstką plecionką. I na tym nie koniec: obcięto mu uszy, nos i wargi, a język wyrwano przez otwór zrobiony w karku, ostrym szydłem ugodzono go w serce". Targane konwulsjami ciało uwieszono za nogi u powały. Patrzcie, jak Lach tańczy! - natrząsali się oprawcy. "Aż nareszcie niezłomny bohater około godziny trzeciej po południu, dobity cięciem miecza, doszedł do palmy męczeńskiej, zostawiając wspaniały obraz chrześcijańskiego męstwa" - opisywał w encyklice Pius XII